Ta õppis 1894–1903 Kuressaare Gümnaasiumis ja 1903–1912 Peterburi Ülikooli füüsika-matemaatikateaduskonnas. Peale ülikooli lõpetamist töötas Markus „J. W. Junker & Ko“ pangas Peterburis ja oli 1914. aastast panga volinik ning puuvillatööstuse juhataja ja direktori abi Türkistanis. 1920. aastal naasis Johannes Markus Eestisse.
15. veebruarist 1921 asus Markus tööle Välisministeeriumis, olles alguses II sekretäri ametikohal ja seejärel poliitilise osakonna juhataja kohusetäitja ning Lääne poliitilise osakonna juhataja.
1. jaanuarist 1923 oli ta administratiivosakonna juhataja ning ühtlasi protokolliülem.
Aastatel 1925–1926 võttis Johannes Markus osa Rahvasteliidu erakorralise komisjoni tööst Mosulis kindral Johan Laidoneri sekretäri ja komisjoni liikmena. 1927–1931 töötas ta Berliini saatkonnas sekretär-konsuli ja nõunikuna ning seejärel Londoni saatkonna peakonsul-nõunikuna. Aastatel 1935–1939 oli Johannes Markus Eesti saadik Poolas, ühtlasi ka saadik Rumeenias ja Tšehhoslovakkias, asukohaga Varssavis. Seejärel oli ta kuni 12. juulini 1940 Eesti saadik Ungaris, Rumeenias ja Türgis, asukohaga Budapestis.
Johannes Markus keeldus peale Nõukogude okupatsiooni Eestisse tagasi pöördumast ja läks 1940. aasta septembris Ameerika Ühendriikidesse, kus pidas Lakewoodis kanafarmi. 1941. aastast oli ta Ülemaailmse Eesti Ühingu esimees ja hiljem töötas New Yorgi peakonsulaadis majandusküsimuste alal.
1. novembrist 1951 asus Johannes Markus Eesti konsuli ametikohale Torontos. Esialgu pidas ta konsuliametit mitteametlikult, kuid alates 17. augustist 1962 kuni oma surmani 26. septembril 1969 Kanada valitsuse poolt tunnustatuna.
Johannes Markuse tuhastatud põrm maeti Mont Meta kalmistule San Benitos Texases.
Heini Vilbiks,
Välisministeeriumi raamatukogu
