Okupatsioonimuuseum on algusest alates Kistler-Ritso fondi kaudu finantseerinud uurimistegevust, aga siin on samuti midagi soiku jäänud. Ka Tartus on loodud nõukogude perioodi uurimiskeskus. Mitmed muuseumid on samuti seda teemat uurinud. Leidub rida nooremaid uurijaid, kes on juba üllitanud tulemusi.
Ei tohi aga unustada kõige tähtsamaid institutsioone, nimelt ülikoole, mis peaksid ka lähiajalugu uurima. Nende uurimistöö juurde kuulub pealegi igasuguste ideoloogiliste dogmade paljastamine. Siin ei tohiks olla pühasid lehmi. Vahel on uurijatel teatud ideoloogide võimutsemisel siiski raske jälgida neid õilsaid printsiipe ja samal ajal teha karjääri. Oleks ka nagu midagi ebaviisakat ja ebamugavat ideoloogiate käsitlemisel. Just nagu perekonnas, kus eelmiste kallimate nimed on tabu all, kuna nüüd ollakse õnnelikus abielus kellegi teisega. Takistuseks võib olla ka oma taust.
Repressioonide uurimise kohta olen korduvalt sõna võtnud (viimati EE 13.02.2009), juhtides tähelepanu selle aeglasele kulgemisele, rahapuudusele ja teatud vastumeelsusele, ka jälgede segamisele. Suure panuse on andnud Okupatsioonide Repressiivpoliitika Uurimise Riiklik Komisjon, mis lõpetas oma tegevuse ülevaatega „Valge Raamat“ (2005) eesti rahva kaotustest okupatsioonide läbi 1940-1991. Sellele eelnes ajavahemikul 1994-2002 20 eriuurimust. Suurt töökoormust on kandnud selle viimane tegevesimees Peep Varju, kes veelgi jätkab oma tööd. Tulemused loodi tihedas koostöös mitme teise institutsiooniga, kes samuti veelgi oma tööd jätkavad. Nende hulgas on silmapaistvam Eesti Memento Liit, kelle viimasest panusest on eriti märkimisväärne selleteemaline ajalooline konverents vastava publikatsiooniga (History Conference of the Estonian Memento Association, Tallinn, June 16, 2007). Sellele eelnevad paljud mahukad publikatsioonid.
Samas seoses tuleb mainida 1999. aastal Lennart Meri algatatud inimsusevastaste kuritegude uurimise rahvusvahelist komisjoni, mida tuntakse esimehe Max Jakobsoni nime järgi. Esimesena uuris komisjon inimsusevastaseid kuritegusid Saksa okupatsiooni ajal. 2006. a. ilmus 1300-leheküljeline esimene koguteos komisjoni töö tulemustest: „Estonia 1940-1945“, sellele järgnes 2009. a. 700-leheküljeline „Estonia since 1944“, mis lõpeb aastatega 1953/56. Sellega lõpetas komisjon oma töö, mida jätkab 2008. a. veebruaris kokku kutsutud Sihtasutus Mälu Instituut.
Rahvusvaheliste komisjonide puhul tuleb arvestada seda, et nende liikmeskond on maadest, kes pole kunagi kogenud N. Liidu okupatsiooni, veelgi vähem selle hirmuvalitsuse tegelikkust; nad kalduvad teoretiseerima ja juhtima tähelepanu ohvrite süüle, eriti kui nad on poliitikud, kes panevad rõhku reaalpoliitikale. See pole oletus, vaid kindel mulje arutlustest kohalike ajaloolaste ja ka tavaliste taanlastega külma sõja ajal. Kuigi Taani ise oli viis aastat Saksa okupatsiooni all, oli see suhteliselt leebe. Seepärast tundus minupoolne faktide kirjeldus neile propagandistliku liialdusena – ei osatud midagi sellist ette kujutada. Nii pidin tihti minimaalse usalduse võitmiseks leppima pooliku tõega. Kuigi pärast N. Liidu kokkuvarisemist avanesid paljude silmad, ollakse veelgi vanade harjumuste kütkes. Pealegi pole püha reaalpoliitika nimel tulus ärritada N. Liidu pärijat Venemaad, kes ainult vastumeelselt ja osaliselt möönab inimsusevastaseid kuritegusid okupeeritud aladel. Kuigi N. Liit oli kaks aastat tegelikult Saksamaa toetajaliitlane, eelistatakse Läänes näha teda ainult oma liitlasena. Sõja ajal ja pärast seda tehti reaalpoliitika nimel palju järeleandmisi, suleti ka silmad tulemuste eest. 1945. a. ütles Churchill Jalta konverentsil küll Stalinile: „Kotkas peaks laskma igal väikesel linnul laulma oma nokaga“, aga kui Stalin seda ignoreeris, lepiti sellega.
Neid muljeid kinnitab Jakobsoni komisjoni tulemus. Eesmärgiks paistab olevat mitte tõe, vaid neutraalse lahenduse leidmine, kus süü on relatiivne nähe, mida omistatakse mõlemale poolele. Nii on komisjon eestlaste süü otsimisel kasutanud koguni KGB materjale ja oletusi. Loomulikult oli ka eestlaste hulgas süüdlasi, aga nende osatähtsusega on liialdatud ning kasutatud okupantide väiteid. Kuigi ka rahvusvahelistes komisjonides on liikmeid, kes eelistavad fakte, on nad püha konsensuse nimel sunnitud leppima tõe relativiseerimisega. Eesti ajaloolased ei julge tulemusi palju kritiseerida, nad kardavad vist äärmuslaste silti? Ega paremat pole loota ka Mälu Instituudi rahvusvaheliselt komisjonilt. Eriti raskeks kujuneb hinnang sovetiaja viimasele perioodile, mida mõjutavad selle aja tegelased, kes Eestis on kas eripensionil või püüavad aktiivselt poliitikas osaledes vältida negatiivset mainet ja leida õigustusi. Lõpliku hinnanguni vaevalt jõutakse, igal põlvkonnal on oma vaatenurk.