Peatselt alustasid aga selle aktsiooni vastu tulist võitlust Estonial hukkunute omaste organisatsioonid Rootsis ja Eestis ning neil õnnestuski valitsuse plaan nurjata, ehkki selleks oli juba eraldatud 352 miljonit krooni.
Tol ajal oli hiljuti taasiseseisvunud Eesti Vabariik veel nõrk ja puudustkannatav väikeriik, tänaseks on aga olukord muutunud. Eestile lisab rahvusvahelist autoriteeti ning annab eeliseid Euroopa Liidu ja NATO liikmesriigi staatus.
Teatavasti vastutas Estonia tehnilise seisundi eest Rootsi firma Nordström&Thulin. Laeval oli Eesti meeskond, kes vastutas omakorda teeninduse eest. On ka teada, et reisiparvlaev Estonia tekitas Eesti ja Rootsi vahelises laevaliikluses konkurentsi, mistõttu teda püüti liinilt „välja trügida“. Katastroofi järel dikteerisid aga rootslased Eestile, kuidas selles keerulises olukorras käituda ja edasi toimida.
Aastaid valitses Estonia ümber vaikus ja rahu, ehkki aeg-ajalt püüdsid ajakirjanikud ja filmimehed Estonia katastroofile tähelepanu juhtida. Olukord muutus kardinaalselt 2004. a. detsembris, kui siis juba pensionile siirdunud Rootsi tolliametnik Lennart Henriksson avalikustas televisioonis Rootsi sõjaväeluure kunagise salaoperatsiooni üksikasju. Selgus nimelt, et Estonial veeti tõepoolest suure saladuskatte all vene sõjaväelastelt saadud elektroonikaseadmeid jm militaarvarustust. See ülestunnistus heitis kindlamat valgust kahtlustele, et Estonial veeti pidevalt. mitte ainult üks kord, vene sõjatehnikat.
Kõnealuste asjaolude ilmsikstulek on nüüd käivitanud rea uusi uurimisi, kuid eelkõige tõstnud kilbile vajaduse tuua Estonia rusud pinnale koos kõige selle sees olevaga ning viia aluses läbi tõeliselt adekvaatne ja põhjalik uurimine.
Seda võlgnevad asjaosalised riigid nii hukkunutele, nende omastele kui ka tulevastele põlvedele.