1939.a. septembris Moskvas toimunud läbirääkimiste ja 16. juunil 1940 ultimaatumi esitamise osas olid tunnistajateks välisminister Karl Selter ja endine riigivanem August Rei, kes sel ajal oli saadikuks Moskvas. Komisjonile sai selgeks, kuidas Stalini käsilaste (Eestis Zhdanov) juhtimisel ja järelvalvel toimus esiteks Nõukogude sõbraliku valitsuse ametisseseadmine, sellele järgnevalt nn. „juulivalimised“ ja kommunistliku Riigikogu poolt otsuste vastuvõtmine nõukogude korra sisseseadmiseks ja astumiseks N. Liitu. Oluline selles oli tolleaegse vabariigi valitsuse nõuniku ja hilisema (Tiefi valitsuse) kohtuministri Johannes Klesmendi tunnistus. Tema oli osaline sel ajal teostatud valitsuse sammudes. Samas osas Lätis tegutsenud Andrei Võshinski tegevust kirjeldanud minister Alfred Berzinsi tunnistuse alusel saatis komisjoni esimees Kersten Võshinskile kutse nendele süüdistustele vastamiseks komisjoni ees. Võshinski oli siis N. Liidu esindaja ÜRO juures. Kutsele vastust ei saadud.
Teistest tunnistajatest kirjeldas dr. Edmund Leetaru Tartu vanglas toimunud vangide massilise hukkamise ohvrite väljakaevamist. Kuressaares mõrvatud vangide surnukehade väljakaevamise juures tehtud fotod esitas komisjonile August Rei. Seda täiendasid seal juures olnud anonüümseks jäänud tunnistaja kirjeldused. NKVD ülekuulamisel Pagari tänaval kasutatud surveavaldustest ja piinamisest andis elava pildi Voldemar Lüdig, kelle kannatused kestsid kuus nädalat. Rida leedulastest ja lätlastest tunnistajaid kinnitasid ja täiendasid neid tunnistusi. Kiriku ja usuelu hävitamisest ja kirikuõpetajate tagakiusamisest, vangistamisest ja Venemaale saatmisest andis ülevaate õp. Rudolf Kiviranna. Usulise tagakiusamise kirjeldamisel olid eriti mõjuvad mitme Leedu katoliku preestri ja piiskopi tunnistused.
Komisjoni ees vande all antud tunnistused avaldati neljas eriaruandes Kongressi ametlike väljaannetena. Komisjoni kokkuvõtlikes aruannetes käsitleti eriti põhjalikult Balti riike. Neile pühendati ulatuslik uurimistöö, mis avaldati komisjoni eriaruandena „Baltic States — a study of their origin and national development; their seizure and incorporation into the USSR“. Selles 375-leheküljelises ülevaates, millele lisandus 155 lehekülge mitmesuguseid dokumente ingliskeelses tõlkes ja ulatuslik bibliograafia, käsitleti üksikasjalikult ning dokumentidele ja tunnistustele toetudes 1939–40. aastate sündmusi. Eesti osas leidsid veel käsitlemist iseseisvuse saavutamine ja Vabadussõda 1917–1920, poliitiline elu ja põhiseaduslik ning majanduslik areng kuni 1939. aastani ja rahvusvahelised suhted II maailmasõja eelaastail. Märkimist leiab ka Eesti diplomaatide ja välisesindajate osa võitluses annektsiooni tunnustamise vastu. Muude dokumentide hulgas leidis esmakordselt avaldamist ingliskeelses tõlkes Balti riikidest küüditamiste aluseks olnud Serovi 11. oktoobri 1939.a. käskkiri, mille esitas komisjonile üks leedulasest tunnistaja, kes oli selle leidnud ühes NKVD mahajäetud büroos.
Kui komisjoni ees esinenud tunnistajate seletused ja ülalmainitud uurimistöö keskendusid 1939–40.a. sündmustele, oli võimalik käsitleda Nõukogude okupatsiooni aegseid vägivalla- ja kuritegusid komisjoni 34-leheküljelises eriaruandes nr. 3, „Communist takeover and occupation of Estonia“. Selles broshüüris antakse sissejuhatusena lühike ülevaade Eesti ajaloost ja järgnevalt üksikasjalikum kirjeldus-ülevaade kommunistlikust okupatsioonist. See hõivab 1940. aastal alustatud tuhandete inimeste vangistamisi ja tapmisi, mis muutusid intensiivsemaks pärast 1944.a.; 1941.a. juuni- ja 1949.a. märtsikuu massküüditamisi, millest viimane tabas eriti raskelt talurahvast ettevalmistusena talumajapidamiste sundkollektiviseerimiseks. Nimetatud on ka metsavendade kestvat vastupanu ja võitlust nõukogude korra vastu. Selle koostamisel olid eriti kasulikud Eesti Rahvusfondi Rootsis poolt komisjonile saadetud materjalid.
Üksikasjalikke kirjeldusi Nõukogude okupatsioonivõimu poolt Eestis sooritatud kuritegudest on viimase 15 aasta kestel avaldatud paljude üksikisikute ja eraorganisatsioonide poolt. Puudub aga ametlik taasiseseisvuse ajal koostatud dokumentidele rajanev ülevaade. Selleni pole jõudnud president Meri poolt 1998.a. moodustatud rahvusvaheline komisjon inimõiguste rikkumise ajalooliste faktide uurimiseks II maailmasõja ajal ning järel Eestis ja eestlaste poolt, mis ilmselt poliitilistel põhjustel alustas tööd Saksa okupatsiooniaegsete sündmustega 1941–1944.a. Komisjoni esimene raport sellest ajajärgust avaldati 2001. aastal. Lisaks nendele on Nõukogude esimese okupatsiooniaasta kuriteod leidnud jäädvustamist 1943. a. ilmunud koguteoses „Eesti rahva kannatuste aasta“. Selle teose koostamist toimetas Saksa okupatsiooniaegse Eesti Omavalitsuse poolt asutatud erikomisjon. 1990-ndatel aastatel on see raamat ilmunud mitmes järeltrükis.