Tänu Riigikogu liikmeks valitud Jaan Krossile õnnestus ületada aasta kestnud üleminekuperioodi ebaselgus ja õiguskomisjoni abil saada 17. juunil 1993 Riigikogult volitused kavandatud töö jätkamiseks.
Alates 1994. aastast on ORURK avaldanud 21 publikatsiooni. Esimesena ilmus Jaan Krossi kavandatud broshüür „Eesti poliitilise eliidi saatusest“. Samal aastal ilmusid Jaak Kangilaski ja Ene Lambi ülevaade „Eesti kunstielu ja okupatsioonide repressiivpoliitika“ ning Peep Varju „Eesti laste küüditamine 14. juunil 1941 kui genotsiidikuritegu“. Järgmisel aastal ilmus kolm tööd: Helbe Merila-Lattiku „Eesti arstkond ja okupatsioonid“, Piret Lotmani ja Aivo Lõhmuse „Eesti raamatute hävitamine Nõukogude võimu poolt“ ning Juta Vessiku ja Peep Varju „Saaremaa inimkaotused esimese Nõukogude okupatsiooni tagajärjel.“
1996.a. jaanuaris valiti riikliku komisjoni esimeheks Vello Salo, kes avaldas samal aastal komisjoni sarjas nimekirjaraamatu „Eesti kaadriohvitseride saatus 1938-1996“. Veel ilmusid 1996.a. lühinimestikud Teises maailmasõjas langenud vabadusvõitlejatest ja soomepoistest.
1997.a. ilmus komisjoni esimene põhjalik uurimistöö ja selleks oli Enn Sarve „Õiguse vastu ei saa ükski. Eesti taotlused ja rahvusvaheline õigus“. Autor annab rahvusvahelise õiguse aktidest lähtuvalt põhjaliku ning juriidiliselt täpse analüüsi 50 Nõukogude okupatsiooniaasta jooksul Eestis toimunust. Teine mahukas töö oli Aleks Kurgveli ja Herbert Lindmäe 1998.a. ilmunud raamat „Pro Patria. 1940—1945. Auraamat Teises maailmasõjas langenud Eesti vabadusvõitlejaile“. Raamat ühendas paguluses 20 aasta jooksul A. Kurgveli kogutud andmed siinsete arhiiviandmetega, mida töötles komisjoni liige H. Lindmäe.
1998.a. ilmus veel Eerik-Niiles Krossi koostatud lühinimestik „Pro Patria II. Auraamat langenud ja hukkunud metsavendadele 1944—1978“. Aasta hiljem ilmus komisjoni liikme ja endise Kolõma poliitvangi Aadu Olli ülevaade „Nõukogude Kaug-Põhja vangilaagrid ja Eesti poliitvangid Kolõmal“. Sõjas hävitatud Narva linnast ja tema elanike saatusest avaldati 2001.a. ajaloolase David Vseviovi töö „Nõukogudeaegne Narva. Elanikkonna kujunemine 1944—1970“.
Kahe uurimiskomisjoni, ORURK-i ja Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Sihtasutuse koostöö tulemusena ilmus 2002.a. kokkuvõte Saksa okupatsiooni inimkaotustest Eestis. Autori Indrek Paavle „Eesti rahvastikukaotused II/1. Saksa okupatsioon 1941—1944. Hukatud ja vangistuses hukkunud“ fikseerib 7798 ohvri nimed, kes olid väheste eranditega Eesti kodanikud. Samal aastal ilmus 18. väljaandena Vello Salo koostatud ingliskeelne broshüür „Population Losses 1940—1941: Citizens of Jewish Nationality“. Nimetatud töö teeb kokkuvõtte nende 415 juudi rahvusest Eesti kodaniku saatusest, kes Nõukogude okupatsioonivõimu massirepressiooniga 14. juunil 1941 Venemaale küüditati.
2003.a. avaldas riiklik komisjon kaks tööd: Jaak Pihlau uurimuse „Eesti sõjaväe häving aastal 1941“ ja Herbert Lindmäe „Suvesõda Virumaal 1941“. Aasta hiljem, juba pärast riikliku komisjoni töö ametlikku lõpetamist 1. septembrist 2004, ilmus sarja viimase raamatuna Herbert Lindmäe „Suvesõda Viljandimaal 1941“.
Need 21 komisjoni sarja raamatut moodustavad koos Valge Raamatuga ühtse terviku kui kokkuvõtte Okupatsioonide repressiivpoliitika uurimise riikliku komisjoni tööst. See on komisjoni liikmete meeskonnatöö tulemus, mis on sündinud ühiste arutelude tulemusena. Mõned komisjoni liikmed on loovutanud oma kitsama valdkonna uurimistöö kolleegi mahukama töö jaoks, nagu tegi Hans Trass. Tema töö lõssenkismist on avaldatud peatükina Jaan Laasi pikemas ülevaates „Kõrgharidus ja teadustöö“. Niisamuti on Hannes Walteri artikkel 20. Eesti diviisi kohta paigutatud Herbert Lindmäe raamatusse „Pro Patria“. Mitmed juba valminud käsikirjad ootavad publitseerimist.
Komisjoni töötajad on arhiivides läbi vaadanud sadu toimikuid ja nimekirju, tuhandeid kartoteegikaarte ning muid materjale, mida Nõukogude ja Saksa okupatsioonivõimud koostasid Eestis. Tänu paljude vabatahtlike abile on õnnestunud saada komisjoni käsutusse väärtuslikke materjale välismaa arhiividest. Eelkõige tuleb tänada pr. Hilda Sabbot, kelle abiga õnnestus pääseda ligi Venemaa arhiivide materjalidele, mis tõid selguse massirepressioonide planeerimisse ja läbiviimisesse nii Eestis kui teistes N. Liidu nn. „liiduvabariikides“. H. Sabbo töö ajalooliste dokumentide kogumisel arhiividest on jäädvustatud seitsmes paksus dokumentide kogus üldnimetusega „Võimatu vaikida“. Nimetatud raamatute sari ilmus aastail 1996-2005. Selle töö eest on ta õigusega pälvinud Eesti Vabariigi ja Poola Vabariigi kõrged teenetemärgid.
Peaaegu kõiki avaldatud tekste on retsenseerinud või toimetanud Erast Parmasto, Enn Tarvel, Ülo Ennuste ja mõlemad esimehed Jaan Kross ning Vello Salo. Toimetuslikku korrektuuri on kohusetundlikult ja täpselt teinud komisjoni sekretär Anna-Mirjam Kaber. Keeletoimetajana pälvib komisjoni liikmete tänu Maret Kangur.
Kolm komisjoni liiget: Rein Teinberg, Aadu Oll ja Hannes Walter on igaveseks lahkunud meie seast, kuid nende tehtud töö jääb.
Komisjoni tegevesimees
PEEP VARJU