Kõige tihemini tungivad loomaaeda nugised ja rebased, kaitseks nende eest on puuride ümber ka elektrikarjused, mis loomaaed lülitab öösiti sisse. Päeval, kui inimesi on rohkem, metsloomad eriti ringi ei hulgu. Kutsumata külalised teevad eriti suurt kahju lindudele.
Loomaaial on probleeme olnud ka hulkuvate koertega, kes on varem ühe ööga maha murdnud ligi 30 kitse.
Tallinna Loomaaia direktor Mati Kaal kinnitas Eesti Päevalehele, et loomaaia elanikele külaliste püüdmiseks üles pandud lõksud ohtlikud ei ole. Ka ei tehta lõksu jäänud murdjatele midagi halba.
Kui mõnele liigile on täiendust vaja pistetakse ta puuri, muidu aga viiakse linnast välja ja lastakse lahti.