Moussaoui kaitsjad olid eelnevalt väitnud, et surmanhutlust ei saa mehe suhtes kohaldada, kuna ta võeti juba mullu augustis immigratsiooniseaduste rikkumises süüdistatuna vahi alla ning pole seetõttu terroriaktidega seotud.
Moussaoui, kes on seni ainus seoses lennukikaaperdamiste ja Maailmakaubanduskeskuse ning Pentagoni rammimisega seoses kohtu alla antud isik, võeti kinni lennukooli töötajate vihjete alusel. Talle on esitatud süüdistus koostöös Osama bin Ladeni ja ta organisatsiooniga al Qaeda. Süüdistajad usuvad, et kui meest poleks tabatud, läinuks ta koos 19 ülejäänud kaaperdajaga terrorilennukite pardale.