Ilse Lehiste valiti 1989. aastal Tartu ülikooli audoktoriks ning 2008. aastal Eesti Teaduste Akadeemia välisliikmeks. Samas oli ta Soome Teaduste Akadeemia välisliikmeks saanud juba kümme aastat varem.
2001. aastal avaldas kirjastus Ilmamaa prestiižikas «Eesti mõtteloo» sarjas valiku Lehiste artikleid pealkirjaga «Keel kirjanduses».
Samal aastal autasustati Lehistet Valgetähe III klassi teenetemärgiga ning tema kodumaist tunnustust kroonib eesti teaduse grand old ladyle mullu määratud Wiedemanni keelauhind.